Vo svojom výskume sa historik Tomáš Černák predovšetkým zaoberá dejinami KSS a KSČ, jej vedúcich predstaviteľov, osobnosťou Gustáva Husáka, cirkevnými i kultúrnymi dejinami. Zaoberá sa tiež históriou slovenského, česko-slovenského i svetového futbalu a najmä vplyvom politiky na futbal a fenoménom futbalového chuligánstva.