Ozbrojenci v Batmanově kostýmu vyloupí banku. Márnice města Gotham zaplňují mrtvoly, které si jsou navzájem podobné, a pak vzápětí mizí. Přímo ve firemní budově Wayne Enterprises probíhá pokus, který končí nebezpečným nezdarem.

Vše nasvědčuje tomu, že tyto události mají společného jmenovatele, zabijáka zvaného Mr. Toxic, a že v ohrožení není jen samotný Gotham, ale i celý svět.

Temný rytíř se této záhadě musí dostat na kloub, čeká ho ale boj s celou bandou Scarecrowů zamořujících vše svým jedovatým plynem strachu, střet s tajnou organizací Soví tribunál, která zaútočí na Arkhamovu léčebnu, a také útěk jednoho z tamních nejnebezpečnějších chovanců, který ovládá hypnózu a říká si Black Mask.

Navíc spolu s Brucem Waynem absolvujete poslední lekci jeho tréninku předtím, než se stal Batmanem, a dozvíte se i víc z minulosti Harveyho Denta, známého též jako Two-Face.