Dvousvazková Mařatkova gastroenterologie je koncipována jako profilová učebnice gastroenterologie a hepatologie. Jde o původní a komplexní učebnici encyklopedicky pokrývající veškerou oborovou problematiku. Cílem autorů bylo navázat na jedinečnou Mařatkovu Praktickou gastroenterologii. Obor se však od jejího vydání v roce 1964 dramaticky změnil, což se samozřejmě promítlo do koncepce a obsahu předkládané publikace, která reflektuje:
Nové kapitoly zahrnují aktuální diskusi o střevním mikrobiomu, probiotikách a fekální transplantaci mikrobiomu, o imunologii a nových poznatcích molekulární genetiky v gastroenterologii. Některé kapitoly mají výrazný mezioborový přesah – zabývají se nemocemi, které jsou velkou výzvou pro diagnostiku a léčbu v klinické praxi. Výrazným rysem monografie je přehlednost, detailní tabulky a vysoká kvalita obrazové dokumentace.
Součástí knihy je její elektronická verze, která obsahuje: