Khan, dávný nepřítel admirála Kirka, se zmocní lodě U.S.S Reliant. S pomocí svých geneticky upravených stoupenců se vydají k vědecké stanici Regula 1, kde testují přísně tajný projekt Genesis. Jde o zařízení, které je schopné udělat planetu obyvatelnou během neskutečně krátké doby. V nepovolaných rukou se ale může stát smrtící zbraní v galaktickém měřítku. Admirál Kirk a Enterprise jsou jedinou šancí, jak zastavit Khanovo tažení. Kirka navíc motivuje fakt, že na stanici Regula 1 slouží jeho dávná přítelkyně. Ta pro něj má navíc velké překvapení... syna. Khan se zmocní zařízení Genesis a Kirk s výsadkem uvíznou na planetě. Admirál ale připravil léčku, s kterou nepřítel vůbec nepočítal...