Kniha navazuje na děj Lučištníka, (první díl trilogie Hledání svatého grálu), v němž se mladý lučištník Thomas vydává do Francie pomstít smrt svých blízkých, zúčastní se prvních bitev stoleté války a osud mu přiřkne úkol najít svatý grál.
Děj Inkvizitora začíná rokem 1347. Svatý grál se snaží nalézt celá Evropa. Mnozí pochybují, zda vůbec existuje, ale nikdo nechce připustit, aby se nejvzácnější relikvie křesťanstva zmocnil nepřítel. To vše vede k tomu, že se Thomas ocitne ve vražedném závodě s dominikánským inkvizitorem a také Guyem de Vexille, tajemným černým jezdcem, který zabil Thomasova otce. Zdá se, že Thomas má před svými soupeři výhodu. Jeho otec mu odkázal tajemnou knihu s poznámkami, které potvrzují existenci grálu a nabízejí klíč k tomu, kde může být relikvie ukryta. Jeho rivalové, hnáni fanatickým náboženským zápalem, však mají také svůj trumf - inkviziční mučírnu.
Thomas se snaží rozluštit zašifrované stránky v knize, aby našel cestu ke grálu, ale ty ho vedou k jeho nepřátelům. Později nachází útočiště v Bretani u Jeanette, hraběnky z Armoriky, s níž se už setkal během svého dřívějšího pobytu ve Francii. Osud mu však nedopřeje odpočinku a vrhá ho do nejkrvavějšího boje stoleté války, do bitvy o La Roche-Derrien. A zde, uprostřed plamenů, šípů a zabíjení, se znovu ocitá tváří v tvář svým nepřátelům.
