Ve druhém díle pátrá Lara Croft po Pandořině skřínce (podle řecké mytologie je to almara, ve které jsou ukryty všechny myslitelné hrozby pro lidskou rasu). Po této schránce kromě Lary pase i doktor Reiss, nositel Nobelovy ceny a obchodník s biologickými zbraněmi. Ten má v úmyslu nabídnout Pandořinu skříňku nejvyšší nabídce některého ze zapřisáhlých odpůrců lidstva a zároveň vytvořit protilátku na v ní ukryté smrtelné choroby a tu pak rovněž zpeněžit. A protože je Indiana Jones už moc starý a James Bond plní jiné úkoly, je o záchranu planety požádána právě Lara Croft. Ta ovšem bude muset vyčerpat celý rezervoár svých schopností, protože Reiss má před ní pořádný náskok, a navíc ho v jeho tažení za podporuje armáda všehoschopných pohůnků.