Ján Pavol II. napísal celkovo 14 encyklík, v ktorých reflektoval aktuálne problémy Cirkvi i civilnej spoločnosti, pričom kládol mimoriadny dôraz na sociálne problémy.
Prvá encyklika Jána Pavla II. Redemptor hominis bola zameraná na Ježiša Krista ako Vykupiteľa človeka a druhá Dives in misericordia na Božie milosrdenstvo – týmito dvoma dokumentmi určil program pre 3. tisícročie, v centre ktorého stojí Kristus ako jediný prostredník medzi Bohom a človekom. Utrápeným a vysileným ľuďom 20. storočia, plného vojen a hrôz, ponúka ako útechu a liek Božie milosrdenstvo.
V encyklike Dominum et vivificantem zdôrazňuje pôsobenie Ducha Svätého v Cirkvi i vo svete a v dokumente Redemptoris mater dáva ľudstvu pred zrak Matku, ktorá je podľa Druhého vatikánskeho koncilu „už teraz eschatologickým dovŕšením Cirkvi“.
Ján Pavol II. napísal tri sociálne encykliky (Laborem exercens, Sollicitudo rei socialis a Centesimus annus), čím chcel zdôrazniť, že Cirkev stojí pri človeku a chce sa zaoberať problémami, ktoré prežíva. Dve jeho encykliky sa venovali morálnym témam (Veritatis splendor a Evangelium vitae), ďalšie encykliky boli zamerané na misijné poslanie Cikrvi (Redemptoris missio), na ekumenické úsilie (Ut unum sint), vzťah vedy a viery (Fides et ratio), ale aj na význam slovanských vierozvestov svätých Cyrila a Metoda (Slavorum apostoli), ktorých vyhlásil za spolupatrónov Európy. Zavŕšením jeho programu bola encyklika Ecclesia de Eucharistia. Zdôrazňuje ňou, že Vykupiteľ človeka je vo svete prítomný cez Eucharistiu. Človek je cestou Cirkvi a Kristus je tu pre človeka.
Súborné dielo encyklík Jána Pavla II. je mapovaním starostí i radostí 20. storočia, a zároveň je ideovým odkazom veľkého pápeža pre tretie tisícročie.